Algorithmische Bioinformatik

Modulnummer: Q10-11
Englischer Titel: Algorithms in Bioinformatics
Leistungspunkte: 10
Lehrperson: Leser

Empfohlene Vorkenntnisse

Gute Programmierkenntnisse
Gute Kenntnisse in Algorithmen und Datenstrukturen

Zwingende Voraussetzungen

keine

Inhalt

Das Modul "Algorithmische Bioinformatik" behandelt Algorithmen zur Lösung grundlegender Fragestellungen moderner Molekularbiologie. Nach einer Einführung in die Grundlagen der Molekularbiologie (Gene und Genome, Expression, Proteine, Regulation und Transkription) werden die folgenden algorithmischen Probleme behandelt: Exaktes Stringmatching, Stringmatching mit mehreren Pattern, approximatives Matching, Indexstrukturen für Sequenzdatenbanken, Editabstand und Alignment, Multiples Alignment, Phylogenetische Bäume. Die Algorithmen werden jeweils anhand der zugrunde liegenden biologischen Fragestellung erklärt, wie z.B. Patternsuche in DNA- und Proteinsequenzen, Assembly von Teilsequenzen, Homologiesuche in Sequenzdatenbanken, und Berechnung evolutionärer Stammbäume.

Erforderliche Arbeitsleistungen für LP-Vergabe und Prüfungszulassung

- schriftlich eingereichte und/oder muendlich vorgetragene Loesungen zu Aufgaben
- Erstellung von Software
- Vortrag/Vortraege der Studierenden
- aktive Teilnahme

Lehrveranstaltungen

Vorlesung: 4 SWS
Übung: 2 SWS

Zugeordneter Vertiefungsschwerpunkt

Algorithmen und Modelle: ja
Modellbasierte Systementwicklung: nein
Daten- und Wissensmanagement: nein
Ohne Vertiefungsschwerpunkt: nein

Sprache im Modul

Deutsch: ja
Englisch: ja

Angeboten für Studiengänge

M. Sc.: ja
M. Ed.: ja
Wirtschaftsmaster: ja

Angeboten im

Wintersemester: ja
Sommersemester: nein

Turnus

Alle zwei Jahre